Nowe narzędzia z dziedziny biologii molekularnej
Opracowano nowe narzędzia do badań z dziedziny biologii molekularnej, korzystające z zaawansowanych technik, w tym ewolucyjnego dopasowania sekwencji.Biologia molekularna bazuje w dużej mierze na dopasowaniu sekwencji, które polega na uporządkowaniu sekwencji DNA, RNA lub białek w taki sposób, aby ukazać biologiczne podobieństwa lub zależności. Jednakże to podejście nie jest wystarczająco uniwersalne, aby umożliwić udzielenie odpowiedzi na coraz to nowe pytania z dziedziny biologii molekularnej, dlatego też istnieje zapotrzebowanie na nowe rozwiązania.
W ramach finansowanego przez UE projektu AMESA (Advanced methods for evolutionary sequence analysis) analizowano koncepcję ewolucyjnego dopasowania sekwencji w celu usprawnienia analizy porównawczej. Naukowcy starali się opracować nowe podejście, które pozwoliłoby udoskonalić m.in. badania w dziedzinie rolnictwa i medycyny. Szczególną uwagę poświęcono takim wyzwaniom, jak stale rozbudowywane zestawy danych i specyficzność danych uzyskiwanych podczas sekwencjonowania nowej generacji (NGS).
Po intensywnych pracach badawczo-rozwojowych zespół projektu opracował dwa narzędzia analityczne, które skutecznie wspomagają ewolucyjną analizę sekwencji i sprzyjają jej udoskonalaniu. Jednym z nich jest PAGAN, program dopasowywania wielu sekwencji i udoskonalony, uwzględniający filogenetykę algorytm dopasowywania de novo i poszerzania dopasowań. Stanowi on podstawę badań prowadzonych w ramach projektu. PAGAN zastąpił też wcześniej stosowaną metodę PRANK, stając się najważniejszym w tej dziedzinie podejściem.
Kolejnym narzędziem jest Wasabi, które stanowi środowisko graficzne idealne do analizy ewolucyjnej sekwencji oraz współdzielenia danych. Ten praktyczny, przyjazny użytkownikowi interfejs działający w chmurze współpracuje z programem PAGAN i innymi metodami analizy, co ułatwia sekwencjonowanie i dzielenie się danymi. Opcje wizualizacji danych są dostępne z dowolnego urządzenia z dostępem do Internetu. Wasabi umożliwia uzyskiwanie odtwarzalnych wyników i może łatwo współpracować z uzupełniającymi narzędziami do analizy.
Po ukończeniu projektu planowane są dalsze prace na rzecz rozwoju i udoskonalenia obu tych produktów, dzięki czemu powstaną jeszcze bardziej wyrafinowane, funkcjonalne narzędzia, umożliwiające postępy w biologii molekularnej. Rolnictwo, medycyna, bioróżnorodność i szereg innych dziedzin z pewnością skorzysta na wynikach badań i narzędziach opracowanych dzięki projektowi AMESA.
Źródło: www.cordis.europa.eu
W ramach finansowanego przez UE projektu AMESA (Advanced methods for evolutionary sequence analysis) analizowano koncepcję ewolucyjnego dopasowania sekwencji w celu usprawnienia analizy porównawczej. Naukowcy starali się opracować nowe podejście, które pozwoliłoby udoskonalić m.in. badania w dziedzinie rolnictwa i medycyny. Szczególną uwagę poświęcono takim wyzwaniom, jak stale rozbudowywane zestawy danych i specyficzność danych uzyskiwanych podczas sekwencjonowania nowej generacji (NGS).
Po intensywnych pracach badawczo-rozwojowych zespół projektu opracował dwa narzędzia analityczne, które skutecznie wspomagają ewolucyjną analizę sekwencji i sprzyjają jej udoskonalaniu. Jednym z nich jest PAGAN, program dopasowywania wielu sekwencji i udoskonalony, uwzględniający filogenetykę algorytm dopasowywania de novo i poszerzania dopasowań. Stanowi on podstawę badań prowadzonych w ramach projektu. PAGAN zastąpił też wcześniej stosowaną metodę PRANK, stając się najważniejszym w tej dziedzinie podejściem.
Kolejnym narzędziem jest Wasabi, które stanowi środowisko graficzne idealne do analizy ewolucyjnej sekwencji oraz współdzielenia danych. Ten praktyczny, przyjazny użytkownikowi interfejs działający w chmurze współpracuje z programem PAGAN i innymi metodami analizy, co ułatwia sekwencjonowanie i dzielenie się danymi. Opcje wizualizacji danych są dostępne z dowolnego urządzenia z dostępem do Internetu. Wasabi umożliwia uzyskiwanie odtwarzalnych wyników i może łatwo współpracować z uzupełniającymi narzędziami do analizy.
Po ukończeniu projektu planowane są dalsze prace na rzecz rozwoju i udoskonalenia obu tych produktów, dzięki czemu powstaną jeszcze bardziej wyrafinowane, funkcjonalne narzędzia, umożliwiające postępy w biologii molekularnej. Rolnictwo, medycyna, bioróżnorodność i szereg innych dziedzin z pewnością skorzysta na wynikach badań i narzędziach opracowanych dzięki projektowi AMESA.
Źródło: www.cordis.europa.eu
03-03-2023
Najdokładniejsze systemy satelitarnego transferu czasu
Nie zawsze zegar atomowy działa lepiej niż kwarcowy.
03-03-2023
Ponad połowa chorych z SARS-CoV2 cierpi na długi covid
Przez długi czas może mieć takie objawy jak zmęczenie.
03-03-2023
Uniwersytet Warszawski będzie kształcić kadry dla energetyki jądrowej
Przekazał Wydział Fizyki UW.
Recenzje