Akceptuję
W ramach naszej witryny stosujemy pliki cookies w celu świadczenia państwu usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczone w Państwa urządzeniu końcowym. Możecie Państwo dokonać w każdym czasie zmiany ustawień dotyczących cookies. Więcej szczegółów w naszej Polityce Prywatności

Zamknij X
Strona główna Tygodnik "Nature"

Odkrywając tajemnice ekspresji genów


Twoje DNA wpływa na więcej niż tylko kolor oczu i to, czy potrafisz zwijać język w trąbkę. Twoje geny zawierają instrukcje do wytwarzania wszystkich protein, których potrzebują Twoje komórki, aby żyć. Jednak niektóre kluczowe aspekty tego, jak działa ten proces na poziomie molekularnym były dotychczas nieznane.

Wykorzystując mikroskop krioelektronowy (cryo-EM), Eva Nogales z Lawrence Berkeley National Laboratory (Berkeley Lab) i jej zespół badawczy dokonali znaczącego przełomu w naszym rozumieniu tego, jak molekularna maszyneria odnajduje odpowiednie DNA do skopiowania, pokazując z bezprecedensową precyzją rolę podstawowego czynnika transkrypcyjnego, czyli tzw. TFIID.

To odkrycie jest istotne, ponieważ toruje drogę naukowcom pragnącym zrozumieć i eliminować nieprawidłowości. „Zrozumienie tego procesu w komórce jest jedynym sposobem na manipulowanie nim i naprawianie go kiedy idzie nie tak”, mówi Nogales. „Ekspresja genów leży w centrum wielu kluczowych procesów biologicznych, od rozwoju embrionu do powstawania nowotworów. Pewnego dnia będziemy w stanie manipulować tymi fundamentalnymi mechanizmami, w celu korekcji ekspresji genów, które powinny lub nie powinny się znaleźć lub w celu zadbania o stan, w którym proces wymknął się spod kontroli”.



Model Cryo-EM kompleksu preinicjacyjnego ludzkiej transkrypcji. (Obraz: Robert Louder/Berkeley Lab)

Ich wyniki zostały opublikowane online w czasopismie Nature. ("Structure of promoter-bound TFIID and model of human pre-initiation complex assembly"). Głównym autorem jest Robert Louder, absolwent biofizyki w laboratorium Nogales, innymi autorami są Yuan He, José Ramón López-Blanco, Jie Fang i Pablo Chacón.

Nogales, która jest biofizykiem pracującym także w Howard Hughes Medical Institute i UC Berkeley, bada ekspresję genów od 18 lat. Jej zespół dokonał kilku znaczących odkryć w ostatnich latach, jednak Nogales nazywa obecne wyniki najbardziej przełomowymi. „To jest coś, co znajdzie się w podręcznikach do  biochemii”, mówi. „Znamy teraz strukturę organizacji białek, która formuje się na początku każdego genu. Nikt wcześniej nawet nie otarł się o taki wynik, ponieważ badania na tym polu są bardzo trudne do prowadzenia tradycyjnymi metodami”.

Sposób przepływu informacji genetycznej w żywych organizmów jest zwany „centralnym dogmatem biologii molekularnej”. Komórki stale włączają i wyłączają geny w odpowiedzi na to, co dzieje się w ich środowisku i aby to zrobić, komórka wykorzystuje DNA- wielką bibliotekę genetyczną, znajduje odpowiednią sekcję i robi jej kopię w postaci przekaźnikowego RNA, czyli mRNA, które potem jest wykorzystane do wyprodukowania odpowiedniego białka.

Kłopot polega na tym, że ta „biblioteka” nie ma numerów stron czy spisu treści. W zamian za to ma znaczniki w postaci specyficznych sekwencji DNA (zwanych promotorami) aby wskazać gdzie zaczyna się i gdzie kończy dany gen. Jak więc polimeraza- enzym, który dokonują transkrypcji, wie gdzie zacząć? „DNA jest wielka, wielką molekułą. W tej mieszaninie trzeba znaleźć początek genu, aby polimeraza wiedziała gdzie zacząć jego kopiowanie”, mówi Nogales. „Czynnik transkrypcyjny TFIID jest kompleksem protein, który zajmuje się dokładnie tym czyli rozpoznaje i wiąże DNA do regionów promotorów.”
To, co udało się Nogales i jej zespołowi, to zobrazować, z niezwykłą dokładnością, jak TFIID łączy się z DNA i rozpoznaje region startowy (promotorowy) genu. Okryli oni także jak służy on jako rodzaj lądowiska dla tej maszynerii molekularnej, która musi zgrupować się na tym etapie. Nazywamy ją tzw. kompleksem preinicjacyjnym transkrypcji (PIC). PIC pozycjonuje polimerazę tak, aby mogła rozpocząć transkrypcję.

„Nie dość, że TFIID wykonuje wszystkie te zadania; musi także potrafić wykonywać je w inny sposób dla innych genów na dowolnym etapie życia organizmu”, mówi Nogales.



TFIID (niebieski) podczas kontaktu z DNA i angażowania polimerazy (szary) do transkrypcji genu. Początek genu zaznaczony jest różowym światłem. (Image: Eva Nogales/Berkeley Lab)

Louder: „Stworzyliśmy pierwszy model strukturalny pełnego ludzkiego TFIID oraz PIC. Nasz model daje nowatorskie wejrzenie w PIC, opisując też rolę TFIID w angażowaniu innych komponentów PIC do promotorów DNA. Pokazuje także jak długo obserwowana konformacyjna elastyczność TFIID ogrywa rolę przy regulacji inicjacji transkrypcji”.

Białka były tradycyjnie badane przy użyciu krystalografii, jednak w tym wypadku ta technika była niemożliwa do zastosowania. „TFIID nie było dostępne metodom krystalografii, ponieważ nie ma wystarczająco dużo materii do krystalizacji, ma bardzo elastyczne elementy i jest dużych rozmiarów”, mówi Nogales. „Wszystkie te problemy możemy pokonać dzięki cryo-EM.”

Mikroskop krioelektronowy, w którym próbki są obrazowane przy kriogenicznych temperaturach bez konieczności użycia barwników czy utrwalaczy, używany jest w biologii strukturalnej od lat 80. ubiegłego wieku. Dzięki zaawansowanej analizie komputerowej, badacze są w stanie uzyskać trójwymiarowe obrazy. Jednak cryo-EM przeszedł w ostatnich latach rewolucję, między innymi dzięki udziałowi Berkeley Lab, która ulepszyła jego rozdzielczość i zredukowała ilość potrzebnych danych niemal stukrotnie.  

„Wiele systemów biologicznych, o których myśleliśmy, że są niemożliwe do zbadania w dużej rozdzielczości okazały się bardziej dostępne”, mówi Nogales. „Teraz rozdzielczość umożliwia nam dostrzeżenie atomowych detali. To obszar, w którym Berkeley Lab jest jednym z liderów”.

Podczas gdy te badania dostarczyły ważnego i nowego wglądu w ekspresję genów, Nogales zauważa, że pozostaje wciąż dużo pracy. Planuje teraz zbadać jak TFIID jest w stanie rozpoznawać różne sekwencje w różnych typach genów i jak jest regulowany przez kofaktory i aktywatory.
 
„Jesteśmy dopiero na początku”, mówi. „Kompleks TFIID jest bardzo, bardzo istotny. Teraz przełamaliśmy już pewne bariery i możemy zacząć generować modele atomowe pokazujące szczegóły tego, jak DNA jest wiązane”.

Źródło: http://www.nanowerk.com/news2/biotech/newsid=42953.php


Tagi: dna, gen, ekspresja genów
Drukuj PDF
wstecz Podziel się ze znajomymi

Informacje dnia: Ograniczenie soli w diecie może być groźne Nie mam jeszcze wniosków na temat pochodzenia Covid-19 Najdokładniejsze systemy satelitarnego transferu czasu Ponad połowa chorych z SARS-CoV2 cierpi na długi covid Zintegrować informacje o logistyce Wystawa "Nie to niebo" Ograniczenie soli w diecie może być groźne Nie mam jeszcze wniosków na temat pochodzenia Covid-19 Najdokładniejsze systemy satelitarnego transferu czasu Ponad połowa chorych z SARS-CoV2 cierpi na długi covid Zintegrować informacje o logistyce Wystawa "Nie to niebo" Ograniczenie soli w diecie może być groźne Nie mam jeszcze wniosków na temat pochodzenia Covid-19 Najdokładniejsze systemy satelitarnego transferu czasu Ponad połowa chorych z SARS-CoV2 cierpi na długi covid Zintegrować informacje o logistyce Wystawa "Nie to niebo"

Partnerzy

GoldenLine Fundacja Kobiety Nauki Job24 Obywatele Nauki NeuroSkoki Portal MaterialyInzynierskie.pl Uni Gdansk MULTITRAIN I MULTITRAIN II Nauki przyrodnicze KOŁO INZYNIERÓW PB ICHF PAN FUNDACJA JWP NEURONAUKA Mlodym Okiem Polski Instytut Rozwoju Biznesu Analityka Nauka w Polsce CITTRU - Centrum Innowacji, Transferu Technologii i Rozwoju Uniwersytetu Akademia PAN Chemia i Biznes Farmacom Świat Chemii Forum Akademickie Biotechnologia     Bioszkolenia Geodezja Instytut Lotnictwa EuroLab

Szanowny Czytelniku!

 
25 maja 2018 roku zacznie obowiązywać Rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2016/679 z dnia 27 kwietnia 2016 r (RODO). Potrzebujemy Twojej zgody na przetwarzanie Twoich danych osobowych przechowywanych w plikach cookies. Poniżej znajdziesz pełny zakres informacji na ten temat.
 
Zgadzam się na przechowywanie na urządzeniu, z którego korzystam tzw. plików cookies oraz na przetwarzanie moich danych osobowych pozostawianych w czasie korzystania przeze mnie ze strony internetowej Laboratoria.net w celach marketingowych, w tym na profilowanie i w celach analitycznych.

Kto będzie administratorem Twoich danych?

Administratorami Twoich danych będziemy my: Portal Laboratoria.net z siedzibą w Krakowie (Grupa INTS ul. Czerwone Maki 55/25 30-392 Kraków).

O jakich danych mówimy?

Chodzi o dane osobowe, które są zbierane w ramach korzystania przez Ciebie z naszych usług w tym zapisywanych w plikach cookies.

Dlaczego chcemy przetwarzać Twoje dane?

Przetwarzamy te dane w celach opisanych w polityce prywatności, między innymi aby:

Komu możemy przekazać dane?

Zgodnie z obowiązującym prawem Twoje dane możemy przekazywać podmiotom przetwarzającym je na nasze zlecenie, np. agencjom marketingowym, podwykonawcom naszych usług oraz podmiotom uprawnionym do uzyskania danych na podstawie obowiązującego prawa np. sądom lub organom ścigania – oczywiście tylko gdy wystąpią z żądaniem w oparciu o stosowną podstawę prawną.

Jakie masz prawa w stosunku do Twoich danych?

Masz między innymi prawo do żądania dostępu do danych, sprostowania, usunięcia lub ograniczenia ich przetwarzania. Możesz także wycofać zgodę na przetwarzanie danych osobowych, zgłosić sprzeciw oraz skorzystać z innych praw.

Jakie są podstawy prawne przetwarzania Twoich danych?

Każde przetwarzanie Twoich danych musi być oparte na właściwej, zgodnej z obowiązującymi przepisami, podstawie prawnej. Podstawą prawną przetwarzania Twoich danych w celu świadczenia usług, w tym dopasowywania ich do Twoich zainteresowań, analizowania ich i udoskonalania oraz zapewniania ich bezpieczeństwa jest niezbędność do wykonania umów o ich świadczenie (tymi umowami są zazwyczaj regulaminy lub podobne dokumenty dostępne w usługach, z których korzystasz). Taką podstawą prawną dla pomiarów statystycznych i marketingu własnego administratorów jest tzw. uzasadniony interes administratora. Przetwarzanie Twoich danych w celach marketingowych podmiotów trzecich będzie odbywać się na podstawie Twojej dobrowolnej zgody.

Dlatego też proszę zaznacz przycisk "zgadzam się" jeżeli zgadzasz się na przetwarzanie Twoich danych osobowych zbieranych w ramach korzystania przez ze mnie z portalu *Laboratoria.net, udostępnianych zarówno w wersji "desktop", jak i "mobile", w tym także zbieranych w tzw. plikach cookies. Wyrażenie zgody jest dobrowolne i możesz ją w dowolnym momencie wycofać.
 
Więcej w naszej POLITYCE PRYWATNOŚCI
 

Newsletter

Zawsze aktualne informacje