Otrzymywanie sond

Sondy DNA wykorzystywane w technice mikromacierzy cDNA otrzymywane są na drodze powielania (tj. amplifikacji) fragmentów DNA za pomocą reakcji PCR. Materiał genetyczny powielany jest z wykorzystaniem specyficznych enzymów. W reakcji otrzymywania sond stosuje się odwrotny PCR (tzw. RT-PCR), w którym wystarczy zaprojektować odpowiednie startery do selektywnej i wydajnej replikacji wybranych części genów. W technice tej nie ma konieczności poznania całej sekwencji nukleotydowej sondy. Otrzymane sondy DNA oraz przygotowane z nich macierze charakteryzują się niską specyficznością wobec genów homologicznych. Wynika to z faktu, iż sonda zbudowana z kilkuset nukleotydów może przyłączyć fragment danej sekwencji DNA, która jest komplementarna na krótkim odcinku sekwencji) [5].

Zupełnie inaczej sprawa wygląda w przypadku sond oligonukleotydowych, których przygotowanie wymaga poznania praktycznie całej sekwencji genomu. Sondy oligonukleotydowe projektowane są w taki sposób, aby były całkowicie komplementarne do odcinka badanego genu. Aby reakcja cechowała się dużą swoistością, projektuje się kilkanaście sond DNA, które dają możliwość przyłączania z różnymi rejonami odpowiedniego genu [5].

Autor: Zuzanna Koperwas

Literatura:

[1]. Stępniak P., Handschuh L., Figlerowicz M., 2008. Mikromacierze DNA- analiza danych. Biotechnologia 4 (83) 68-87, 2008. http://www.pfb.info.pl/files/kwartalnik/4_2008/05.%20stepniak-figlerowicz.pdf

[2]. Szutowicz A., Raszei-Szpecht A., 2009. Diagnostyka laboratoryjna. Tom I. Gdański Uniwersytet Medyczny, Zlecenie KW/224/09.Recenzent prof. dr hab.Wiesława Łysiak-Szydłowska. S.267-269.

[3]. https://www.genome.gov/10000533/dna-microarray-technology/

[4]. Kisiel A., Skąpska A., Markiewicz W.T., Figlerowicz M., 2004. Mikromacierze DNA. KOSMOS Problemy Nauk Biologicznych, Tom 53, Numer 3-4 (264-265), Strony 295-303. http://kosmos.icm.edu.pl/PDF/2004/295.pdf

[5]. Kazula A., 2009. Wykorzystanie mikromacierzy DNA w terapii i diagnostyce. Genetyka, tom 65, nr 3. http://www.ptfarm.pl/pub/File/FP/3_2009/14%20%20mikromacierze.pdf

[6]. Jarząb B., Gubała E., Lange D., 2004. Mikromacierze DNA i profil ekspresji genów raka brodawkowatego tarczycy. IV Konferencja Sekcji Endokrynologii Molekularnej PTE, Poznań, 2-3.10.2004.

[7]. Ludwików A., Krasowski K., Misztal L.H., Sadowski J., 2008. Mikromacierze DNA i ich zastosowanie w badaniach ekspresji genów u roślin. BIOTECHNOLOGIA 4 (83), 131-143, 2008. http://www.pfb.info.pl/files/kwartalnik/4_2008/09.%20ludwikow-krasowski.pdf

[8]. http://www.cellab.polsl.pl/resources/Rozprawa_doktorska_Jaksik.pdf

[9]. Brzeszcz J., Kapusta P., Turkiewicz A., 2013. Zastosowanie metod molekularnych w badaniach bioremediacji substancji ropopochodnych. NAFTA-GAZ, ROK LXIX, Nr 11/2013. http://archiwum.inig.pl/inst/nafta-gaz/nafta-gaz/Nafta-Gaz-2013-11-04.pdf

[10]. http://www.premierbiosoft.com/tech_notes/microarray.html

[11]. https://bio.as.uky.edu/sites/default/files/Overview%20of%20DNA%20microarrays.pdf

[12]. Formanowicz P., Urbaniak R., Handschuh L., Formanowicz D., Figlerowicz M., 2008. Mikromacierze DNA- zasady projektowania sond. BIOTECHNOLOGIA 4 (83) 54-67, 2008. Prace przeglądowe. http://www.pfb.info.pl/files/kwartalnik/4_2008/04.%20formanowicz-urbaniak.pdf

[13]. Żmieńsko A., Handschuh L., Góralski M., Figlerowicz M., 2008. Zastosowanie mikromacierzy DNA w genomice strukturalnej i funkcjonalnej. BIOTECHNOLOGIA 4 (83) 39-53, 2008. Prace przeglądowe. http://www.pfb.info.pl/files/kwartalnik/4_2008/03.%20zmienko-handschuh.pdf